Die erste grosse Epoche der Glasmalerei endete im 16. Jahrhundert. Mit der aufkommenden Reformation verlor die Glasmalerei in protestantischen Gebieten an Bedeutung.
Auch in den katholischen Regionen vollzog sich ein Wandel in der künstlerischen Ausstattung der Gotteshäuser. Die barocke Kunst verbreitete sich vor allem in diesen Regionen. Es handelte sich dabei um eine Kunst der katholischen Gegenreformation (eine etwas pompöse Kunst die den nüchtern dekorierten, reformierten Kirchen gegenüber standen).
Mit ihrem Streben nach Repräsentation schuf sie Werke von überladener Üppigkeit. Im Barock ist die Wirkung wesentlicher als die Wirklichkeit. Kostbare Werkstoffe wie Marmor oder Gold wurden mit Gips und Farbe imitiert.  
In dieser Zeit bedurfte man vor allem heller Fenster, um die detailreiche und illusionistische Architektur der Kirchen zu beleuchten. Die Fensteröffnungen wurden mit farblosen Bleiverglasungen, die in regelmässige, geometrische Muster aufgeteilt sind, verschlossen.


Dank der Tradition der Kabinett­scheiben (besonders in der Schweiz) fanden einige Glasmaler auch weiterhin ein Auskommen. An bestehenden Glasmalereien wurden, aus Desinteresse weder Unterhalts noch Restaurierungsarbeiten durchgeführt.
Überall werden Kirchen barockisiert (in den neuen Barockstil umgebaut), wenn die nötigen finanziellen Mittel vorhanden sind.